На разных автовокзалах это делается по разному. Например на Питерском АВ приведено в алфавитном порядке. Также сделано в Ростове (тут отдельно вынесены транзитные рейсы), Сочи, Краснодаре, Туапсе и может еще где, сразу не вспомнить.
В В.Новгороде междугороднее расписание вообще никак не упорядочено, а пригородное - по номерам маршрутов. Во Пскове то по алфавиту.